تضم هذه المؤسسة القضائية نوعين من الهيئات:

النوع الاول هو الهيئات غير القضائية، وتشمل:
- مكتب المجلس الذي يتألف من رئيس المجلس ومفوّض الحكومة ورئيس هيئة التفتيش القضائي ورؤساء الغرف، ويناط به السهر على حسن سير القضاء الاداري وعلى هيبته واستقلاله، ويمارس الصلاحيات التي يمارسها مجلس القضاء الاعلى في الشؤون الذاتية للقضاة.
- الهيئة العامة التي تتألف من جميع قضاة المجلس الاصيلين وتجتمع برئاسة الرئيس مرة كل سنة في تشرين الاول للاطلاع على تقرير الرئيس عن أعمال المجلس ولمناقشته. وهي في الاجتماع ذاته، تقدم اقتراحاتها في ميدان الاصلاحات التشريعية والنظامية والادارية.
- الغرفة الادارية التي تقوم بمهام المجلس الاستشارية ويرأسها رئيس المجلس او من ينيبه من رؤساء الغرف. ويشارك فيها جميع قضاة المجلس باستثناء الملحقين منهم بمفوضية الحكومة او بوزارة العدل.

والنوع الثاني هو الهيئات القضائية التي تضم:
- مجلس القضايا التي يتألف منها رئيس المجلس (ينوب عنه عند تعذر حضوره رئيس الغرفة الاعلى درجة) ورؤساء الغرف وثلاثة مستشارين يختارهم الرئيس في بداية كل سنة، وينعقد بحضور الرئيس او نائبه واربعة اعضاء على الاقل، وينظر حكماً في دعاوى القضاة والدعاوى المقدمة نفعاً للقانون وفي الدعاوى التي تحال اليه بقرار من رئيس المجلس او بقرار من مكتب المجلس بناء على طلب مفوض الحكومة او رئيس الغرفة الناظرة في الدعوى.
- الغرف القضائية وعددها حالياً خمس، وهي تصدر قراراتها برئاسة رئيس الغرفة (او المستشار الاعلى درجة في حال غيابه) وبمشاركة مستشارين احدهما المقرر.
- المجلس التأديبي للقضاة المؤلف من رئيس المجلس ومفوض الحكومة ورؤساء الغرف الثلاثة الاعلى رتبة. تجري المحاكمة امامه بصورة سرية، ويصدر قراراته بالاكثرية، وتكون نافذة بذاتها، ولا تقبل اي طريق من طرق المراجعة بما فيها التمييز.
- المجلس التأديبي للمساعدين القضائيين المؤلف من ثلاثة قضاة يعينون بقرار من وزير العدل بعد أخذ رأي مكتب المجلس، ويقوم بوظيفة مفوض الحكومة لديه مفتش قضائي يعينه رئيس هيئة التفتيش القضائي.